El órgano de Santoyo fue construido sin utilizar materiales del instrumento anterior, que fue vendido a Itero del Castillo. Es un ejemplar típico del estilo de órgano barroco castellano de las parroquias rurales. Su caja es magnífica, toda ella de pino, ricamente decorada con tallas, molduras y esculturas doradas y policromadas. Es, probablemente, el último instrumento de Pedro Merino de la Rosa, que construye junto a sus hijos Agustín y Antonio, según reza la inscripción que se conserva en el interior de las arcas de viento del secreto. Realmente, es una obra de madurez, de gran belleza sonora.

A pesar de haber sido construido en la primera mitad del siglo XVIII, dispone de una lengüetería tendida muy desarrollada, que presenta una construcción muy particular: de talla estrecha, con grandes pabellones abocinados soldados al resonador, hechos de otra pieza y de un metal más rico en estaño. Este órgano se conservaba bastante entero, aunque había perdido muchos tubos agudos (217) en la zona de más fácil acceso. Esto supone una conservación del 77 % de la tubería. Se han completado todos los registros simples con tubería original y se han hecho nuevos los registros compuestos: el Lleno de la mano derecha, y la Címbala de ambas manos. Todos los demás registros conservan sus tubos originales.

Federico Acitores