Este órgano es un caso único en la geografía palentina porque en una caja de estilo barroco se ha reconstruido un instrumento de estilo alemán. Del órgano original solo se conserva la caja, decorada con tallas policromadas y conteniendo un gran castillo central en mitra, cuatro pequeños castillos en ala, dos pequeños castillos de tubos canónigos en mitra invertida, un cuerpo superior de cinco castillos formados por tablas pintadas en forma de tubos y dos grandes alerones de tubos de madera de 16 pies pintados con mascarones. No hay lengüetería exterior, quedando únicamente los agujeros de la lengüetería del órgano primitivo.

Este órgano tiene dos planos sonoros manuales equilibrados y separados en el espacio. La aleación de los tubos es muy pobre en estaño, aproximadamente 25% estaño y 75% plomo. La elección de este tipo de mezcla corresponde a un determinado tipo de instrumento que se fabricó hasta mediados del siglo XVIII en el norte de Alemania y en los Países Bajos. El alto porcentaje de plomo, el tipo de escudos de los tubos labiales, las bocas bastante altas así como determinadas proporciones y cálculos en los diapasones de todos los registros son característicos de la organería nórdica. Los registros de lengüeta están armonizados y tratados de la misma manera que los registros de tubos labiales, con una aleación abundante en plomo. Solamente el flautado de fachada pertenece al órgano antiguo.

Es un instrumento importante porque en él se puede tocar gran parte del repertorio organístico europeo, tanto la música de los países meridionales europeos de los siglos XVI al XVIII, como la de los compositores nórdicos (J. P. Sweelinck, D. Buxtehude o J. S. Bach).